כשאני קורא את קובץ של הפרוטאום ועושה נקסט אז בתחילת כל מחרוזת אני מקבל מערה מוזרה לפני הרצף של האותיות אני צריך להתעלם מזה נכון?
ועוד שאלה אחת שאני מחפש מחרוזת היא יכולה להתחיל בסוף חלבון אחד ולהסתיים התחילת החלבון הבא?
יש בשאלה התייחסות מפורשת ל"הערה המוזרה". אנא קרא אותה.
מחרוזת רלוונטית לא יכולה לחצות גבולות של חלבון יחיד.
קראתי את ההערה ולא הבנתי מה זה או מה אני אמור לעשות עם זה?
מצטרף לשאלה.
למשל, בחלבון שנתתם בשאלה כדוגמא.
gi |289810145| ref| ZP_06540774.1 | surface presentation of antigens protein spaM [ Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. AG3 ]
האם תיאור החלבונים שצריך להוסיף בשאלה 4ב, הוא כל מה שכתוב למעלה או החלק שבתוך סוגריים מרובעים [], או בין הקווים המאונכים || ?
תודה.
gi |289810145| ref| ZP_06540774.1 |
אלה "תעודות זהות" של הגן ושל החלבון שהגן מקודד. כמו מספרי תעודות הזהות שלנו, הם כשלעצמם לא אומרים הרבה.
[ Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. AG3 ]
אומר שהאורגניזם בו מדובר הוא סלמונלה מזן כזה וכזה. שוב, לא כל כך אינפורמטיבי.
surface presentation of antigens protein spaM
הוא החלק שנותן תיאור מאוד קצר של פעילות החלבון. מכל השורה, זה החלק
האינפורמטיבי היחיד (גם אם לרובכם זה יגיד מעט מאוד). במקרה
שלנו זה אומר שהחלבון עובד על פני התא ומסייע לסלמונלה לתקוף את ה"מארח" (כמובן
קבלת האורחים כאן מובילה רק לצרות). זהו החלק בו אתם מתבקשים להשתמש. כדי
להקדים את השאלה הבאה, אתם תתקלו במספר קטן מאוד של חלבונים ב-4ב. מספיק שתשלפו את החלקים
האלה ידנית מתוך שורות התיאור - אין צורך לכתוב קוד שינתח תחבירית את השורה, אם כי זה לא כל כך קשה.
לעתים החלק האינפורמטיבי הוא ממש לא אינפורמטיבי, ואומר, למשל, "חלבון משוער". עדין, זה החלק שאתם מתבקשים להחזיר.
אם יש לי שני חלבונים עם אותו תיאור, אבל ה-gi או ה-ref שלהם שונים, לציין את שניהם או רק אחד?
הכוונה היא באותו וירוס, לא בשני וירוסים שונים (כלומר אני מקבל למחרוזת אחת בוירוס אחד שתי התאמות בוירוס השני)
קודם כל, תיקון ביולוגי. אלה חיידקים, לא וירוסים! ב"אותו תיאור" אתה מתכוון שהסדרות זהות, או שיש
שתי סדרות שונות עם אותה תת סדרה בשני חלבונים שונים? בשני
המקרים, ציין את שני החלבונים. אבל רק לידיעה כללית, המקרה הראשון, אם אכן קרה
הוא תקלה של מי שערכו את הפרוטאום של אותו חיידק. תקלות קורות, כמובן.